为推动我国生物信息学的学科发展和创新研究，充分展示和宣传我国生物信息学领域的重大研究成果，《基因组蛋白质组与生物信息学报》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 简称GPB）于近期组织评选了2022年度“中国生物信息学十大进展”。张宁课题组与合作者通过单细胞测序揭示肝癌免疫微环境亚型和中性粒细胞异质性的研究成果入选。
免疫微环境异质性是肿瘤耐药和转移的重要原因之一；系统探究免疫微环境的异质性规律对治疗选择、疗效预测及新靶点开发意义重大。美高梅登录正网张宁、张泽民和朱继业团队合作，综合利用单细胞测序、空间转录组测序和外显子测序对189个人和小鼠肝癌样本的微环境进行分析。该研究首次在单细胞精度刻画了肝癌的五种免疫微环境亚型并命名为TIMELASER分型系统，揭示其细胞组成、空间分布、驱动突变、趋化因子网络和预后相关性。该研究也首次揭示肝癌的中性粒细胞异质性，阐明CCL4阳性和PD-L1阳性的肿瘤相关中性粒细胞的促肿瘤机制，最终通过构建新的小鼠自发肝癌动物模型证明靶向肿瘤相关中性粒细胞有望形成新的肝癌治疗策略。
该成果发表于Nature
图 肝癌免疫微环境TIMELASER分型系统和中性粒细胞异质性
数据链接
https://ngdc.cncb.ac.cn/bioproject/browse/PRJCA007744
工具链接
https://github.com/meta-cancer/scPLC
原文信息
Xue R, Zhang Q, Cao Q, Kong R, Xiang X, Liu H, et al. Liver tumour immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity. Nature 2022;612:141–7. PMID: 36352227.
原文链接
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05400-x